宽永年间，一种名叫赤面天花的奇怪绝症席卷全国，被感染者皆为年轻男性，不论贵贱，一旦中招必死无疑。公家出身的万里小路有功（堺雅人饰）落发为僧，即将出任庆光院住持的有功前往江户拜谒三代将军家光，却遭春日局（麻生祐未饰）胁迫还俗，入大奥侍奉女身将军家光（多部未华子饰）。原来男身家光早已病死，为免德川血脉断绝，引发天下大乱，春日局导演了这样一出男女逆转的惊天骗局，而小路则被迫更名阿万，与其他被选中的男人在这个充满阴谋与陷阱、凶杀与血腥的黑暗大奥中展开多舛的人生……本片根据漫画家よしながふみ的原著改编。